Ultra-long read 3rd-generation DNA sequencing

Achtergrond
De technieken waarmee de samenstelling van DNA en RNA kunnen worden bepaald zijn in de afgelopen jaren spectaculair verbeterd. Toch is het nog steeds moeilijk het complete DNA van een organisme (het genoom) precies in kaart te brengen, zeker waar het DNA betreft dat veel repeterende stukken bevat. Dit geldt in sterke mate voor een aantal commercieel belangrijke plantengenomen.

De allernieuwste technieken die momenteel beschikbaar komen lijken het mogelijk te maken ook complexe plantengenomen precies in kaart te brengen. Dit biedt grote en nieuwe mogelijkheden voor innovaties in planten- en zaadveredeling.

Doel / Innovatiekans 
Het doel van dit project is om onderzoekers in zaadverdelingsbedrijven en universiteiten inzicht te verschaffen in de zgn. 3de generatie sequencing technologie en relevante laboratorium en bioinformatica protocollen hiervoor te ontwikkelen.

Resultaten tot nu toe
De derde generatie sequencing technologie ontwikkelt zich razendsnel. Op de Universiteit van Amsterdam is een robuust laboratoriumprotocol ontwikkeld dat het mogelijk maakt van zeer lange stukken DNA de basevolgorde te bepalen (> 16kb) en dat te doen met een hoge opbrengst (> 3 miljard basen per experiment). Op dit moment worden sequentiedata gegenereerd die nodig zijn om het aardappelgenoom in kaart te kunnen brengen.

Betrokken partners   
Bejo Zaden B.V., AverisSeeds B.V., HZPC R&D, C. Meijer B.V., Vereniging VLPB, UvA-SILS